Os docentes e médicos assistentes do CCIFM participação ativamente de vários programas de pós-graduação das USP:
Programa de Mestrado Profissional em Ciências das Imagens e Física Médica
Programa de Pós-Graduação em Medicina (Clínica Médica)
Programa de Pós-Graduação em Neurologia e Neurociências
Programa de Ciências da Saúde Aplicadas ao Aparelho Locomotor